肽段从头测序又称De-novo,手工De-novo测序需要很强的专业知识，并且费时较多。一个可靠的自动De-novo测序方法可以节省很多时间，减少实验费用。De-novo测序以前被认为速度很慢，因此，通常是在没有蛋白数据库的时候才会用到。不过近年发展的一些软件如PNovo,PEAKS,在准确性和速度上都有很大提高，被广泛认可。即使没有数据库，De-novo测序也可以在以下方面帮助肽段鉴定。
      第一，De-novo测序肽段和数据库检索匹配或者类似可以验证数据库检索结果的正确性；
      第二，De-novo测序肽段如果不在数据库检索中出现则有可能是样品中的新肽段，值得进一步验证，如意外修饰或者肽段突变。      
       De-novo肽段测序的主要思想是用两个碎片例离子的质量差异来计算肽段股价上的氨基酸残基。但是质谱谱图本身并不告诉我们每个峰对应的离子类型，因而在De-novo肽段测序中要求人工或者一种算法去确定离子类型。        第一，适用于未知肽段测序（包括N端封闭的肽段测序）      第二，未测序物种蛋白测序
   

                                                          肽段序列MS/MS谱图