iTRAQ技术鉴定到的差异蛋白只有通过构建网络的手段，才能观测到对实际样品解释非常有意义的分子和其网络，这一步对筛选什么样的分子进行后期功能验证非常重要。
 
常用几种种呈现方式：相互作用网络,转录因子网络等，如图所示。